Endonukleázy jsou enzymy, které se štěpí DNA na menší fragmenty štěpením fosfodiesterové vazby uvnitř polynukleotidového řetězce. Podívejme se na některé jeho příklady.
- Endonukleáza RecBCD
- endonukleáza T7
- T4 endonukleáza II
- Endonukleáza Bal 31
- Endonukleáza I
- Mikrokoková nukleáza
- Endonukleáza II
- S1 nukleáza
- P1-nukleáza
- Nukleáza z fazolí mungo I
- Enzym DNase I (P00639)
- AP endonukleáza
- BamHI
- EcoRI
- EcoRV
- HindIII
- HaeIII
Endonukleáza RecBCD
RecBCD endonukleáza je vyrobeno v E. coli buňka. Je částečně závislý na ATP a funguje při rekombinaci a opravě. Enzym RecBCD provádí dvojí role nukleázy a helikázy, který defluje nebo odděluje řetězce DNA a vytváří jednořetězcové zářezy v DNA.
endonukleáza T7 (P00641)
Phage T7 (gen 3) je zdrojem Enzym T7 endonukleáza. replikace vyžaduje DNA se sklonem k jednoduchým vláknům na dvou vláknech. Enzym, který se zvláště váže na a štěpí čtyřcestné (Holliday) DNA spoje po virové genomové replikaci k vyřešení spojení.
T4 endonukleáza II (P07059)
fág T4 (denA) je zdrojem T4 endonukleáza II. Oligonukleotidy zakončené 5'-dCMP produkované tímto enzymem jsou štěpeny ze sekvence -TpC-; délka řetězce produktu se liší v závislosti na situaci. Pomůcky v degradace hostitelské DNA, umožňující vytvoření fágové DNA vychytáváním nukleotidů z hostitele.
Endonukleáza Bal 31
P. espejiana je zdrojem Endonukleáza Bal 31 . Navíc jsou touto endonukleázou pozměněny 3' a 5' konce duplexní DNA. Alespoň dvě nukleázy v kombinaci s rychlými i pomalými enzymy.
Endonukleáza I (endo I; P25736)
E. coli (konec A) je zdrojem Endonukleáza I. Mutanti Endo I se nadále správně vyvíjejí, přestože jsou v periplazmě a vykazují průměrnou délku řetězce sedm, byli by inhibováni tRNA, způsobující dvouvláknové adukty DNAa generování nicků, když jsou komplexovány s tRNA.
Mikrokoková nukleáza (P00644)
Staphylococcus je zdrojem Mikrokoková nukleáza. Vytváří 3′-P konce, upřednostňuje jednovláknovou DNA a oblasti bohaté na AT, vyžaduje vápník a ovlivňuje RNA. Enzym, který dezintegruje 5′ fosfodiesterové vazby v DNA i RNA.
Endonukleáza II (endo VI, exo III; P09030)
coli (xthA) je zdrojem endonukleázy II. V blízkosti místa štěpení se také nachází a 3′–>5′ exonukleáza, a 3'-P konce mají fosfomonoesterázu. Primární RE v E. coli je apurinová-apyrimidinová endonukleáza.
S1 nukleáza (P24021)
Aspergillus oryzae je zdrojem. Postižena je i RNA. Degraduje pouze jednovláknovou DNA a RNA; žádná zjevná preference pro báze. Konečnými produkty endonukleolytického štěpení jsou 5'-fosfomononukleotid a 5'-fosfooligonukleotid.
P1-nukleáza (P24289)
Penicillium citrinum je zdrojem. Postižena je i RNA. Degraduje pouze jednovláknovou DNA a RNA; žádná zjevná preference pro báze. Mezi konečné produkty produkované endonukleolytickým štěpením patří 5'-fosfomononukleotid a 5'-fosfooligonukleotid.
Nukleáza z fazolí mungo I
Klíčky fazolí mungo je zdrojem. Postižena je i RNA. Dvouřetězcová DNA, hybridy DNA/RNA nebo dvouřetězcová RNA se však enzymem nerozloží. Jen to produkuje nukleosid 5′-monofosfáty při rozpadu jednořetězcové DNA nebo RNA.
Enzym DNase I (P00639)
Slinivka skotu je zdrojem. Výrobek má v průměru čtyřčlánkový řetěz a Mn2+ výsledkem je dvouvláknový zlom. Sérová endonukleáza je produkován četnými exokrinní a endokrinních orgánů a nachází se v tělesných tekutinách.
AP endonukleáza
Jádro a mitochondrie jsou zdroje. Zahrnuje dráhu opravy excize DNA báze. DNA-BER využívá enzym AP endonukleázu (dráhu opravy excize bází).
BamHI
BamHI, restrikční endonukleáza typu II generovaná Bacillus amyloliquefaciens, dokáže detekovat krátké (6 bp) sekvence DNA a přesně je odřízněte na cílovém místě.
EcoRI
EcoRI je enzym restrikční endonukleáza která je součástí systému modifikace omezení a rozkládá dvojité šroubovice DNA na fragmenty na určitých místech.
EcoRV
EcoRV je restrikční endonukleáza typu II to jde podle názvu Eco32I. Jedná se o hojně využívanou restrikční enzym v molekulární biologii.
HindIII
Haemophilus influenzae typ II místně specifický restrikční enzym deoxyribonukleázy hydrolyzuje kofaktor Mg2+ k přerušení palindromické sekvence DNA, AAGCTT.
vyhledávatIII
vyhledávatIII je endonukleáza která chrání organismy před neidentifikovanou vnější DNA. Používá se v laboratořích molekulární biologie. Byla to třetí endonukleáza objevená v bakteriích Haemophilus aegyptius.
závěr
Enzymy zvané endonukleázy rozkládají fosfodiesterovou vazbu nacházející se v polynukleotidových řetězcích. Zatímco mnoho enzymů štěpících DNA štěpí extrémně specifické nukleotidové sekvence, jiné, jako je deoxyribonukleáza I, štěpí DNA poněkud náhodně (bez ohledu na sekvenci).
